14 września 1953 roku rozpoczął się sądowy proces przeciwko kieleckiemu biskupowi Czesławowi Kaczmarkowi, tym samym dobiegło końca blisko trzyletnie śledztwo podczas którego biskup był całkowicie odizolowany od informacji z zewnątrz, nie mógł się z nikim spotykać, nie otrzymywał korespondencji, nie został nawet poinformowany o śmierci matki. Był poddany wielogodzinnym przesłuchaniom, pozbawiany snu i odpoczynku. Dostawał też zastrzyki, które powodowały zmianę świadomości i utratę pamięci.
Już pierwszego dnia procesu kieleckie „Słowo Ludu” wydało wyrok zamieszczając artykuł pod znamiennym tytułem „Proces członków antypaństwowego i antyludowego ośrodka, na którego czele stał ks. Kaczmarek, były ordynariusz kielecki”. W podobnym tonie artykuły zamieściły gazety w całym kraju. Proces, starannie wyreżyserowany przez Urząd Bezpieczeństwa, trwał zaledwie 8 dni. Wyniszczony fizycznie i psychicznie biskup przyznał się do zarzucanych czynów. Akt oskarżenia biskupa składał się z 6 punktów, w których zarzucono mu współpracę i popieranie przedwojennego „faszystowskiego” BBWR, Stronnictwa Narodowego, OZON-u i innych ugrupowań. Oskarżono go, że w czasie okupacji nawoływał do uległości wobec okupanta, a w latach 1945-51 próbował obalić władzę robotniczo-chłopską wiążąc się z najzaciętszymi wrogami ludu tj. z Mikołajczykiem i rządem londyńskim oraz zagranicznymi ośrodkami szpiegowskimi oraz że kierując ośrodkiem wywiadowczym na terenie Polski zebrane wiadomości przekazywał ambasadorowi amerykańskiemu Arturowi Bliss Lane’owi za co otrzymywał wynagrodzenie.
Wojskowy Sąd Rejonowy w Warszawie skazał 22 września 1953 roku bp. Czesława na 12 lat więzienia oraz utratę praw publicznych i obywatelskich praw honorowych na 5 lat. Oprócz biskupa w procesie zostali skazani ks. Jan Danielewicz na 10 lat, Józef Dąbrowski na 9 lat, ks. Władysław Widłak na 6 lat, siostra Waleria Niklewska na 5 lat. W stosunku do wszystkich sąd orzekł przepadek mienia na rzecz skarbu państwa. Proces biskupa był pierwszym etapem rozprawy z polskim episkopatem. Kolejnym było aresztowanie w nocy z 25 na 26 września 1953 r. prymasa Stefana Wyszyńskiego.
8 lutego 1955 r. biskup został zwolniony z odbywania kary ze względów zdrowotnych. Nie na długo. Niemal rok później został ponownie aresztowany i osadzony w więzieniu mokotowskim. Zwolniony decyzją sądu po 3 miesiącach na mocy amnestii został skierowany na przymusowy pobyt do klasztoru w Rywałdzie. We wrześniu 1956 r. bez zgody władz opuścił klasztor i udał się do Warszawy. Mimo nacisków ze strony władz nie powrócił do Rywałdu. 30 marca 1957 r. Naczelna Prokuratora Wojskowa umorzyła śledztwo w jego sprawie z braku dostatecznych dowodów. Biskup powrócił do swojej diecezji 4 kwietnia 1957 r.
Mimo ciężki doświadczeń więziennych i zniszczonego zdrowia nie załamał się, przeprowadził synod diecezjalny, dokonał reorganizacji administracyjnej diecezji. 10 lutego 1959 r. wziął w obronę, w wygłoszonym kazaniu, prześladowanych katolików w Chinach i wezwał do modlitwy za chiński kościół i napór bezbożnictwa. To wystąpienie wywołało furię władz państwowych, które zażądały od episkopatu usunięcia biskupa z diecezji. W obronie prześladowanego stanął papież Jan XXIII w liście skierowanym do biskupa napisał: “Wyrok niesłusznie na Ciebie wydany przez władze państwowe został obalony – tak, iż Twoja względem Kościoła wierność, podobnie jak i szczera Twoja miłość względem ojczyzny stały się dla wszystkich oczywiste”.
Odpowiedzią władz było zamknięcie diecezjalnych wydawnictw, zlikwidowano katolicką szkołę prowadzoną przez siostry nazaretanki, dom dziecka oraz zabrano nowo wybudowany gmach kurii i katechetycznego ośrodka diecezjalnego. Diecezja kielecka miała być poligonem doświadczalnym na froncie walki z Kościołem. Jako pierwszych w Polsce powołano 42 kleryków do wojska. Ostateczny cios został zadany przez dawnego współpracownika biskupa, ks. Leona Świderskiego, który napisał paszkwil na biskupa: „Zielony Zeszyt”, a później „Oglądały oczy moje”. Ciężkie warunki więzienne, wyczerpanie psychiczne i fizyczne spowodowały chorobę serca. Biskup Kaczmarek podczas konferencji Episkopatu w Warszawie dostał ataku serca, miesiąc później w Nałęczowie dostał zawału, przewieziony do szpitala w Lublinie zmarł 26 sierpnia 1963 roku. Pogrzeb odbył się w katedrze kieleckiej 29 sierpnia 1963 r. W pogrzebie uczestniczył biskup Karol Wojtyła. Został pochowany w podziemiach katedry obok biskupów kieleckich.
Ewa Działowska